De outras discussões com os portugueses deste nosso projeto, parece-me que no português de Portugal separa-se o qu em palavras do tipo equivalência, equipotência, etc. Já nós brasileiros não fazemos essa separação. Não importa se a gente pronuncia ou não o u, na hora da separação silábica, a semivogal sempre fica junto com o qu.
Esta palavra especificamente (e outras do mesmo tipo) ainda tem o problema de serem "proparoxítonas eventuais", o que complica ainda mais. Assim, eu diria que os brasileiros fariam a separação silábica assim: e.qüi.po.lên.cia; enquanto que os portugueses fariam assim: e.qü.i.po.lên.ci.a. Haja Acordo! :-)